Mehmed nasceu por volta de 1540 na cidade de Elbasan, na Albania. Ele foi para Istambul em 1563 (possivelmente para se juntar ao corpo de janízaros, tropa de elite do exercito turco).

 

Depois de seis anos como cadeteele começou o estudo da música. Durante um período de 20 anos se especializou com incrustações em madre-pérola, que rendeu-lhe o sobrenome Sedefkâr (trabalhador em madre-pérola).

 

Mais tarde, ele também passou a dedicar-se à arquitetura. Ele se tornou um aluno do arquiteto Mimar Sinan, arquiteto mais famoso da Turquia, tornando-se seu assistente encarregado do escritório na ausência de Sinan.

 

Em janeiro de 1586 foi nomeado para concluir a Mesquita Muradiye em Manisa, uma construção iniciada por seu mestre Sinan.  Quando Sinan morreu em 1588, Mehmed Agha,  foi nomeado não como seu sucessor e logo chegou a ser o arquiteto real do sultão.

 

No ano de  1591 passa a  Inspetor de Obras de todo o império otomano. Durante os anos seguintes ele visitou a Arabia Saudita, Egito e Macedónia.

 

De 1609 até 1616 ele trabalhou exclusivamente na Mesquita do Sultão Ahmed, chamado a Mesquita Azul por causa da cor de sua obra telha. O projeto da mesquita foi baseada na Basílica de Santa Sofia (de Antemio de Trales e Isidoro de Mileto), a obra-prima da arquitetura bizantina construída no século 6. O projeto da mesquita é perfeitamente simétrico, com uma grande cúpula central sustentada por quatro semi-cúpulas e rodeado por uma série de hexaedros menores.

 

Mehmed Agha possivelmente escreveu um tratado sobre arquitetura, desenvolvido por ele e por seu biógrafo Cafer Efendi. Neste livro, ele explicou seus métodos de trabalho e a formação teorica em arquitectura do período

 

Mehmed Agha morreu em 1617.