Hendrik Beyaert era de origem muito humilde. Por esta razão, ele teve que ganhar a vida desde muito jovem e sua família não tinha como pagar pelos seus estudos superiores. Aos 19 anos, Hendrik Beyaert trabalhou como funcionário no Banco Nacional da Bélgica em Kortrijk. Como ele sempre foi fascinado por arquitetura, saiu do banco e passou a trabalhar como pedreiro aprendiz no canteiro de obras da nova estação ferroviária de Tournai, um edifício que seria substituído décadas mais tarde por um outro, agora com desenho de sua autoria.

Em 1842, o jovem foi para Bruxelas, onde ele manteve uma pequena livraria para ganhar a vida e se matriculou no curso de arquitetura. No ano seguinte, ele conheceu o arquiteto Félix Janlet que acreditava nas excepcionais qualidades do jovem Beyaert e lhe ofereceu um emprego em seu escritório.

Devido a este trabalho e para uma pequena bolsa concedida a ele  pela prefeitura de sua cidade natal Kortrijk, Beyaert pôde terminar seus estudos de arquitetura na Academia Real de Belas Artes em 1846. Beyaert iniciou no estilo neoclássico, mas logo afastou-se deste movimento, que em seu tempo já estava entrando em declínio.

Sua primeira grande obra pública foi a sede de seu antigo empregador, o "Banque Nationale de Belgique". Em cooperação com o arquiteto Wynand Janssens, fizeram um edifício neo-barroco luxuoso. O sucesso de crítica à este prédio, juntamente com as influencias políticas que Beyaert mantinha com o Partido Liberal da Belgica, levou a muitas outras obras públicas, fazendo sua carreira prosperar,

Além de obras, Beyaert também envolveu-se em restauro de edificações medievais e renascentistas belgas. Essa atividade desempenhou um papel importante no desenvolvimento arquitetônico de Beyaert que passou a ser um entusiasta do revivalismo renascentista flamengo.

Em 1876, no entanto, negou publicamente Beyaert ser um partidário do movimento revivalista renascentista flamengo, embora os defensores deste movimento tinham a intenção de alinhar suas criações com as de Beyaert.

Beyaert se tornaria fundamental para a formação de uma nova geração de arquitetos, como Paul Hankar e Victor Horta, que desempenharam um papel importante na evolução da arquitetura Art Nouveau na Belgica e na Europa.